Sejarah kelam RMS yang telah membantai kaum muslimin Maluku menjadi catatan tersendiri dalam daftar kejahatan kemanusiaan yang dilakukan RMS.
Peristiwa terbaru yang masih membekas dalam ingatan warga muslim Ambon adalah HUT RMS berdarah pada 25 April 2004. Kala itu simpatisan RMS melakukan pembantaian terhadap kaum Muslimin setelah terlebih dahulu mereka mengadakan upacara bendera memperingati HUT RMS.
Buntut dari upacara peringatan HUT RMS tersebut memicu terjadinya konflik dan kerusuhan di dalam kota Ambon selama satu pekan lebih. Akibatnya puluhan kaum muslimin tewas, ratusan lainnya luka-luka dan ratusan rumah milik warga muslim hangus dibakar oleh para kader dan simpatisan Kristen RMS.
Peristiwa itu betul-betul dikenang oleh kaum muslimin sebagai sebuah tragedi yang memilukan. Para keluarga korban yang anggota keluarganya tewas dibantai oleh para pengikut RMS delapan tahun silam, hingga saat ini masih merasakan kepiluan dan trauma atas peristiwa tersebut.
Diantara keluarga korban yang berhasil ditemui oleh voa-islam.com di Ambon adalah Ny Salma Lisaholit. Saat itu ia kehilangan anak ketiganya yang bernama Muhammad Haris Samal (21 tahun) yang menjadi korban pembantaian RMS pada 27 April 2004.